进口货物在进境后、办结海关放行手续前需退运出境的，应该按照“直接退运”货物办理通关手续，具体程序如下：
“直接退运”货物的适用范围
直接退运的货物包括两种情况：一种是进口货物收发货人、原运输工具负责人或者其代理人（以下统称当事人）向海关申请将全部或者部分货物直接退运境外的货物（以下简称“申请直退”），另一种是海关根据国家有关规定责令直接退运的货物（以下简称“责令直退”）。
“申请直退”的须符合以下情形并提供相关证明的方可办理：发货后国家的贸易管理政策进行了调整，收货人无法提供相关证件的；属于错发、误卸或者溢卸货物，并提供了发货人或者承运人书面证明文书的；收发货人双方协商一致同意退运，并提供了双方同意退运的书面证明文书的；发生贸易纠纷，能够提供法院判决书、仲裁机构仲裁决定书或者无争议的有效货物所有权凭证的；货物残损或者国家检验检疫不合格，并提供国家检验检疫部门根据收货人申请而出具的相关检验证明文书的。
“责令直退”适用于以下情况：进口货物属于国家禁止进口的；违反国家检验检疫政策法规，经国家检验检疫部门处理并且出具《检验检疫处理通知书》或者其他证明文书后的；未经许可擅自进口属于限制进口的固体废物用作原料；违反国家有关法律、行政法规，应当责令直接退运的其他情形。
“直接退运”的申请程序
“申请直退”应当在载运该批货物的运输工具申报进境后、海关放行货物前，由当事人以书面形式向货物所在地现场海关提出申请。
“申请直退”属于行政许可事项，海关对当事人提出的“申请直退”申请审核后，应当根据不同情况制发相应的行政许可文书；而“责令直退”不属于行政许可的范畴。经海关批准或者责令直接退运的货物，企业办理通关手续时，不需要提供进出口许可证或者其他监管证件，各种税费及滞报金也免予征收。经海关批准直接退运的，当事人在办理直接退运出境申报手续前，原申报的进口报关单或者转关单数据要予以撤销。
“直接退运”报关单的申报程序
当事人在办理经海关批准或者责令直接退运货物的通关申报手续时，应按照以下程序办理：
错发、误卸或者溢卸货物，经海关批准直接退运的，免予填制报关单，凭《准予直接退运决定书》或者《责令直接退运通知书》向海关办理直接退运手续。其他情况一律须填制报关单，办理正常货物通关手续。
填制报关单时，应当先填写出口报关单，再填写进口报关单，“监管方式”栏均填写“直接退运”（监管代码为4500），征免性质为空；在进口报关单“关联报关单”栏填报出口报关单号，进出报关单备注栏内均注明《准予直接退运决定书》或者《责令直接退运通知书》的编号。
进口转关货物，当事人在进境地海关办理了转关放行手续，但尚未在指运地海关办结放行手续之前申请退运的，不必申报“直接退运”监管方式，而应当按照“其他（9900）”监管方式办理相关海关手续。也须先填制出口货物报关单，再填制进口货物报关单向海关申报，监管方式均填报“其他（9900）”，并在进口货物报关单“关联报关单”栏填写出口货物报关单号。对于其中涉证、涉税的，系统提示应证、应税时，可通过层级审核报请直属海关主管关领导批准后，在H2000系统中进行特殊处理通过。
