海关行政复议决定一般分为决定维持原具体行政行为，决定被申请人履行法定职责，决定撤销或者确认该具体行政行为违法，决定变更原具体行政行为等四种情形。除此之外，《中华人民共和国海关行政复议办法》（以下简称“《复议办法》”）还规定了其他的情形。
一、决定驳回行政复议申请
行政复议机关决定驳回行政复议申请是《中华人民共和国行政复议法实施条例》新增加的内容。决定驳回行政复议申请有两种情形：
申请人认为海关不履行法定职责而申请行政复议，海关行政复议机关受理后发现被申请人没有相应法定职责或者被申请人在海关行政复议机关受理该行政复议申请之前已经履行法定职责的。
在该情况下，海关没有相应法定职责或者在行政复议机关受理行政复议案件前已经履行了法定职责，说明申请人认为海关不履行法定职责的情形已不存在，只有驳回申请人的行政复议申请，终结行政复议程序，才是适当的处理方式。比如，某申请人对特定减免税政策有异议，认为该政策不符合国家有关规定，导致其进口设备不能享受减免税待遇。为此该申请人向海关复议机关提出行政复议。海关复议机关受理后发现，该复议申请所涉及的内容应当由国家发改委来作出解释，不是海关的法定职权，于是海关行政复议机关作出驳回该复议申请的复议决定。
需要注意的是，“海关已经履行法定职责”，是指在海关复议机关受理行政复议申请前，海关已经履行法定职责。如果是海关复议机关受理行政复议申请后，海关才履行法定职责，那么，除非申请人撤回行政复议申请，否则不影响行政复议案件的审查。比如，某申请人对海关缉私部门查处的案件迟迟不作出行政处罚决定有意见，向海关复议机关提出复议申请，海关复议机关予以受理。被申请人海关缉私部门知晓后，为避免激化矛盾，匆匆做出行政处罚决定。此种情况即不能视作海关复议机关受理行政复议申请前已经履行法定职责。
行政复议申请受理后，行政复议机关发现该行政复议申请不符合《复议办法》规定的受理条件。
对于行政复议受理的条件和范围，《中华人民共和国行政复议法》等都做了明确规定。如果海关复议机关在受理前发现该申请不符合受理条件，可以作出不予受理的决定；如果海关复议机关在受理后发现该申请不符合受理条件的，就要作出驳回复议申请的决定。
海关复议机关作出驳回申请人复议申请决定，意味着行政复议程序的终结，对申请人权益有直接影响。为了切实保护申请人的合法权益，需要对该权力予以有效监督。《复议办法》规定，海关行政复议机关的上一级海关如果认为该复议机关驳回行政复议申请的理由不成立，应当责令其恢复审理，同时要制作《责令恢复行政复议审理通知书》。因此，海关复议机关在制作《驳回行政复议申请决定书》时就要告知申请人，如果对驳回复议申请决定不服的，可以根据《行政诉讼法》有关规定，自收到《驳回行政复议申请决定书》之日起15日内向人民法院起诉。
二、申请人自愿撤回行政复议申请
《复议办法》规定，申请人在行政复议决定做出前自愿撤回行政复议申请的，经海关行政复议机关同意，可以撤回。申请人自愿撤回复议申请，需要注意几个环节：
（一）自愿撤回的时间
申请人自愿撤回复议申请不是在任何时间都可以提出的，需要注意两个时间点，一是要在海关复议机关正式受理该复议申请之后。申请人在收到海关复议机关的复议案件受理通知书以后，可以随时提出撤回复议的申请。二是申请人撤回复议申请要在海关复议机关作出行政复议决定之前。海关作出行政复议决定的标志是，海关复议机关作出维持、撤销、决定履行、变更等复议决定，并将行政复议决定书送达申请人。如果只是作出了复议决定，并制作了复议决定书，但是还没有送达，也不能称其为作出复议决定，申请人在这种情况下提出撤回复议决定，原则上应当允许。
（二）“一事不再理”
申请人撤回复议申请后不得再以同一事实理由提出复议申请。由于申请人撤回复议申请是自愿的，完全是出于自身的考虑和自觉的行为，因此从基本的诚信原则出发，也是不允许其出尔反尔的。
但是，如果申请人再次提出复议申请的事实和理由有所变化，海关复议机关应当允许。比如，某申请人因对海关估价告知书确定的价格不服向海关复议机关提出复议申请，随后在海关受理后、作出复议决定前又撤回了该复议申请，其撤回复议申请的理由是海关做出了征税决定。随后，申请人又向海关提出了对征税决定不服的复议申请。该申请人的两个复议申请是针对海关两个不同的具体行政行为而提出的，因此，海关复议机关应当接受其第二次复议申请。
（三）被申请人主动改变原具体行政行为
在海关复议机关审查复议案件过程中存在这样一种情形，即被申请人主动意识到原来作出的具体行政行为在事实、证据、适用依据等方面存在问题，决定改变原来作出的具体行政行为。那么，是否意味着可以直接终止该行政复议行为？事实上，海关行政复议审查的是原具体行政行为的合法性和适当性，无论被申请人是否作出改变，都要对原具体行政行为作出确认。因此，只有被申请人改变原具体行政行为得到申请人认可，申请人自愿撤回复议申请，海关复议机关才能终结该复议案件审查。
三、“复议变更不利禁止”
“复议变更不利禁止”原则，广义上说，也是复议决定的一种特殊形式。“复议变更不利禁止”原则是指海关复议机关在申请人的行政复议请求范围内，不得作出对申请人更为不利的复议决定。比如，某申请人对海关对其罚款30万元不服向海关提起行政复议，海关复议机关经审理认为该申请人违反海关监管规定的行为情节严重，应当罚款100万元，于是作出变更为罚款100万的行政复议决定，这就是“作出了对申请人更为不利的复议决定”，是法律不允许的。
